入金を確認したら、支払人、入金日、金額、決済手段を記録し、どの債権に対応するかを照合します。入金があっただけで全取引が完了するとは限らず、一部入金、複数請求のまとめ払い、手数料控除、相殺、過不足や誤入金を区別します。未特定の入金を無理に売上へ充当せず、確認待ちとして管理します。
例えば請求額100,000円に対して99,500円が振り込まれた場合、差額500円が契約上の手数料負担なのか、値引なのか、単なる不足なのかを確認します。確認できるまで請求残を勝手にゼロにせず、承認した理由と処理を残します。決済事業者のまとめ入金でも、売上総額、返金、手数料、入金額を分けて照合します。
領収書等の受取証書について、民法486条は弁済する者の交付請求を定めています。紙のほか、一定の条件で電子的な記録による提供を請求することもできます。「振込なら常に交付請求に応じなくてよい」「それ以外は毎回必ず自動発行する」と一律には説明できません。振込控え等の記録、契約、請求の状況を確認し、電子領収書は必要な保存も行います。
回収手段は銀行振込や電子記録債権等への移行が進められています。電子交換所での紙の手形・小切手交換は2027年3月末に廃止予定であり、金融機関ごとの最終振出期限等は別途確認します。2026年10月31日にすべての手形が法的に無効になったという意味ではありません。既存手形は満期、取立、決済確認や不渡りの管理が必要です。
一方、取適法の対象となる2026年1月1日以後の発注では、手形による支払は禁止されます。電子記録債権等でも、法定期日までに満額を現金化できない手段が許されるとは限りません。対象取引の規制と、金融機関の交換・振出の終了予定を分けて判断します。
金融EDI（ZEDI等）では、請求番号などの消込キーを振込情報へ付け、入金の照合を助けることができます。銀行・取引先の対応と情報の取り決めが必要です。自動照合が一致しない場合に人へ回す仕組みと、訂正・取消・再実行の履歴も用意します。